次氯酸钠的渗透能力比较强，它能渗入到动植物的细胞壁、病毒的外壳，使菌体蛋白变性而致死。它在分解时是可以形成生态氧的，迅速使得细菌蛋白氧化而变性，氯可以直接作用在菌体蛋白内，使之变性失去活力。次氯酸钠溶液在一定浓度时对金黄色葡萄球菌、鸡白痢沙门氏杆菌、大肠杆菌等有几近完美的杀灭作用，次氯酸钠是一种高效的消毒药品，它可以被广泛应用在人畜医疗卫生的防疫方面，如在饮用水的消毒、疗源场所消毒、污水清洁处理、畜禽养殖场中消毒，次氯酸钠比较适合于中型以上的养鸡场中进行的常规防疫消毒，鸡舍、孵化厅和笼体器具内进行彻底的消毒。

      次氯酸钠在使用中需要注意的事项是使用次氯酸钠消毒要选择适宜杀菌浓度的液体，谨防产生浓度越高效果就越好的误区，这是因为高温、高浓度可以使其迅速的衰减，影响消毒的最终效果。次氯酸钠消毒产品受水值的一些影响，水的酸度值越高，其消毒的效果就会越差。次氯酸钠不能进行长时间的贮存，受到光照、温度等这类因素的影响，有效氯是比较容易挥发的，其实有一种次氯酸钠发生器能够有效地提高次氯酸钠的消毒效果。次氯酸钠进行消毒，要提前清除物件表面上有机的物质，有机物可能会消耗有效的氯，降低消毒的实际效果，次氯酸钠对金属等的具有明显的腐蚀作用，使用时人员一定要注意防腐安全。